रोपवाटिकेतील रोपे अनेकदा अचानक मरतात. सुरुवातीच्या टप्प्यात कापूस, कडधान्य, भाजीपाला व ऊस पिकांना मर, मूळकुज, कॉलररॉट व खोडकुज यांसारखे बुरशीजन्य रोग होतात. हे रोग बियाणे व मातीमार्फत पसरतात. पारंपरिक बुरशीनाशकांऐवजी जैविक उपाय म्हणून ट्रायकोडर्मा बुरशी उपयुक्त ठरते. ही बुरशी रोगकारक बुरशीची वाढ रोखते, त्यामुळे बियाण्यावर बिजप्रक्रिया करण्याची शिफारस केली जाते. ट्रायकोडर्मा जमिनीत आढळणारी हिरव्या रंगाची उपयुक्त बुरशी आहे. ती बीजप्रक्रिया, माती प्रक्रिया, झाडांच्या बुंध्याभोवती आळवणी व फवारणीद्वारे वापरली जाते. ही बुरशी रोगकारक बुरशींना पोषकतत्त्वे मिळू देत नाही, त्यामुळे त्यांची वाढ खुंटते. ट्रायकोडर्मा बुरशी सेंद्रिय पदार्थ कुजवण्यास मदत करते. मात्र, तिचा रासायनिक बुरशीनाशकांसोबत वापर टाळावा आणि साठवणूक कोरड्या व थंड ठिकाणी करावी.