शेणखत हे जमिनीची सुपीकता टिकवून ठेवण्यासाठी महत्त्वाचे असते. मात्र, ते पूर्णपणे कुजलेले नसेल तर पिकांना नुकसान होऊ शकते. अर्धवट कुजलेल्या शेणखतामुळे जमिनीत उष्णता वाढते आणि किडींच्या अळ्या व रोग निर्माण होण्याची शक्यता वाढते. त्यामुळे शेणखत योग्यप्रकारे कुजवण्यासाठी कंपोस्ट कल्चर, जैविक घटक आणि योग्य प्रमाणात पाणी वापरणे आवश्यक आहे. शेणखताचा वापर करताना हेक्टरी ५ ते १० टन प्रमाणात ते जमिनीत मिसळावे. भाजीपाला रोपवाटीका आणि फळबागांसाठीही योग्य प्रमाणात कुजलेले शेणखत वापरणे फायदेशीर ठरते.