कोंबड्यांना (hen) अनेक जीवाणू किंवा विषाणुजन्य रोगांची लागण होऊन मरतुकीचे प्रमाण वाढत असते. कोंबड्यांचा मृत्यु झाल्याने शेतकऱ्यांचे आर्थिक नुकसान होत असते. कोंबड्यांच्या शेडमध्ये स्वच्छता राखणे तसेच कोंबड्यांचे विविध (hen disease) रोगांपासून संरक्षण करण्यासाठी रोग प्रतिबंधात्मक लसीकरण (vaccination) केले पाहिजे.

पोल्ट्री शेड रिकामी असताना, अगोदरच्या पोल्ट्री बॅचची घाण पूर्णपणे बाहेर काढल्यानंतर, शेड चुन्याच्या पाण्याने धुऊन काढावा. यासाठी अर्धा किलो चुना १५ लिटर पाण्यामध्ये घेऊन शेड धुऊन काढावा. चुन्याचे पाणी टाकल्यानंतर अजून वरून चुना टाकून काही वेळ तसाच ठेवावा. हा चुना आणि चुन्याचे पाणी खराट्याने बाहेर काढावे. पाणी बाहेर काढल्यानंतर शेडमध्ये पुन्हा चुना मारून घ्यावा. यानंतर शेडमध्ये पूर्णपणे सुकलेली माती किंवा भुसा टाकावा. या मातीमध्येही चुना (lime) मिक्स करून घ्यावा. माती किंवा भुश्श्यात कोंबड्यांच्या विष्ठेतील पाणी शोषून लिटर कोरडे राहण्यास मदत होईल. याव्यतिरिक्त शेडच्या भिंतीना चुन्याचा थर मारून घ्यावा.

पोल्ट्री शेडमध्ये स्वच्छता ठेवण्यासाठी चुन्याव्यतिरिक्त बाजारात उपलब्ध विविध औषधांचा वापर करून शेडचे निर्जंतुकीकरण केले पाहिजे. यामध्ये ग्लुट्रॉअल्डीहाइड -१६ डायहायड्रोक्सिन, डी. एल. डायमिथाईल अमोनियम क्लोराईड यांसारख्या औषधांचा वापर करावा.

निर्जंतुकीकरणासाठी फॉर्मल्डीहाइड (formaldehyde) सोल्युशन ४० टक्के या औषधांचा वापर करावा. पोल्ट्री शेड रिकामे असताना हे औषध २५ मिली १ लिटर पाण्यात मिसळून पंपाच्या सहाय्याने आतुन-बाहेरून फवारणी करून घ्यावी. फवारणी करणाऱ्या व्यक्तींनी स्वतःचे नाक, तोंड पूर्णपणे कापडाने बांधून घ्यावे. डोळ्यांना इजा होऊन नये म्हणून गॉगल वापरावा.