जास्त उत्पादन (production) मिळावे या हव्यासापोटी बेसुमार रासायनिक खतांचा वापर केला गेला. रासायनिक खतांच्या (chemical fertilzer) वापरामुळे उत्पादन तर वाढले, मात्र जमिनीचा दर्जा घसरला. अनेकदा शेतकरी शेताच्या एका बाजूला शेण कुजण्यासाठी टाकून देतात.

शेणखतामध्ये अन्नद्रव्यांचे प्रमाण रासायनिक खतांच्या तुलनेत कमी असते. परंतु शेणखतामध्ये सेंद्रिय पदार्थ (organic carbon)असल्याने सूक्ष्मजीवांच्या वाढीसाठी जमिनीत अनुकूल वातावरण तयार होत असते. या सेंद्रिय खतामुळे जमिनीत पिकाच्या वाढीसाठी आवश्यक सूक्ष्मजीवाणूंची (microorganism) वाढ चांगली होते.

शेणखताच्या नियमित वापरामुळे मातीच्या कणांच्या रचनेत बदल होतो. जमिनीचा पोत सुधारतो. जमिनीतील मुळाच्या कार्यक्षमतेत वाढ होते. पांढऱ्या मुळांची वाढ जास्त होऊन, पिक निरोगी राहण्यास मदत होते. जमिनीची पाणी धरून ठेवण्याच्या क्षमतेत वाढ होऊन जमिनीच्या सामूमध्येही अपेक्षित बदल होतो.

आपल्याकडील शेतकरी शेतातील उकीरड्यावर, खड्यात वर्षभर साठवलेले शेण, खत म्हणून शेतात वापरतात. हे शेण वापरत असताना ते चांगले कुजलेले असावे. अशा शेणामध्ये हुमणी, भुंगे, नारळावरील भुग्यांच्या अळ्या असतात. काही पशुपालक या किड्यांना शेणकिडे असे संबोधतात. अशा विविध भुंगेवर्गीय किडींच्या अळ्या शेणखताद्वारे शेतात पसरून मुख्य पिकास नुकसान पोहोचवू शकतात. या किड्यांची मादी मे-जून महिन्यामध्ये या कुजणाऱ्या पदार्थांमध्ये अंडी घालते. अशा शेणखताचा वापर जमिनीत केल्यास पुढील हंगामात घेतल्या जाणाऱ्या पिकावर हुमणीच्या अळीचा प्रादुर्भाव दिसून येतो.

कुजणाऱ्या शेणात पिकाला हानिकारक बुरशी, मर रोग, मूळकुज, करपा, सड हे रोग निर्माण करणारी बुरशी नसावी. बरेचदा शेतातील निंदलेले गवत या कुजण्यासाठी ठेवलेल्या शेणखतामध्ये टाकले जाते. या गवताच्या मुळाला चिकटलेली माती रोगकारक बीजाणूसह शेणाबरोबर खड्यात जाते. अशा वेळेस शेणावर जैविक प्रक्रिया केली पाहिजे.

जमिनीची मशागत करत असताना शेवटच्या कुळवणीआधी शेतात ५ ते १० टन चांगले कुजलेले टाकावे. भाजीपाल्यासाठी रोपवाटिका तयार करताना गादीवाफ्यावर चांगल्या कुजलेल्या शेणखताबरोबर ट्रायकोडर्माचा वापर करावा.

शेणखत शेतात टाकताना ते चांगले कुजलेले असावे. कुजविण्यासाठी कंपोस्ट कल्चरचा वापर करावा. यासाठी एक टन शेणखतासाठी एक लिटर कल्चरचा वापर करावा. शेणखतामधून कोणत्याही बुरशीजन्य रोगाचा प्रादुर्भाव होऊ नये म्हणून ट्रायकोडर्मा, स्युडोमोनास या जैविक घटकांचा वापर करून प्रक्रिया करावी.